盡管石墨坩堝具有許多優良的物理性能，但運用時仍需注意以下安全問題：
1.化學反應
    石墨坩堝盡管化學慵懶強，但在某些特別條件下，例如加熱過程中，仍有可能發生化學反應。這可能會導致放出有毒氣體或爆破等風險事端，因而運用時應注意防范。
2.溫度問題
    石墨坩堝的高熱導性能讓其在高溫條件下很容易變得過熱，這可能導致其熔化或者變形。因而，運用時需求特別留心控制加熱條件和溫度，以避免呈現風險狀況。
3.操作不當
    在石墨坩堝運用中，因為不恰當的操作，例如過度加熱坩堝或者冷卻不充分，都可能導致其破裂或爆破。此外，操作中飛濺的物質也可能對人體造成損傷。因而，運用前需求仔細閱讀運用說明書，確保操作無誤，同時還應佩帶個人防護裝備。

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